Na indonézskych ostrovoch prevláda tropická klíma s klasickým striedaním obdobia sucha a monzúnových dažďov. Vlhkosť vzduchu sa pohybuje okolo 80% a celoročná priemerná teplota medzi 23 až 30 °C. Obdobie dažďov trvá od októbra do marca, v apríli a máji nastáva takzvané prechodné obdobie, kedy dažde ustávajú. Do septembra je obdobie sucha.
Najvhodnejším obdobím pre návštevu krajiny je teda apríl až október. Pre dovolenku v období dažďov je najlepšie si zvoliť za cieľ východnú časť Indonézie, kde je zrážok menej. Dažde sú častejšie počas popoludnia.
Krajina síce leží mimo tajfúnového pásma, napriek tomu ju však môžu zasiahnuť prudké lejaky sprevádzané veľmi silným vetrom. V horách a vidieckych oblastiach hrozia v období dažďov zosuvy pôdy.